Σκοποί της ΕΕΟΠ είναι:
- Η προαγωγή της γνώσης σχετικά με τους όγκους του πεπτικού,
- Η ενημέρωση του κοινού σε ογκολογικά θέματα κατά κύριο λόγο σχετιζόμενα με την πρωτογενή και δευτερογενή πρόληψη του καρκίνου του πεπτικού,
- Η προώθηση της επιστημονικής έρευνας των όγκων του πεπτικού,
- Η διενέργεια μελετών βασικής έρευνας ή επιδημιολογικών μελετών επί θεμάτων σχετικών με τους όγκους του πεπτικού συστήματος.
Για την πραγμάτωση των σκοπών αυτών η ΕΕΟΠ συνεργάζεται με άλλους εθνικούς ή διεθνείς οργανισμούς:
- Είναι μέλος της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Ογκολογίας Πεπτικού (European Society of Digestive Oncology – ESDO).
- Συνεργάζεται στενά με την Εταιρεία Ογκολόγων Παθολόγων Ελλάδος (ΕΟΠE) και την Ελληνική Γαστρεντερολογική Εταιρεία (EΓE).